Задолго до создания в 1696 году в России регулярного военного флота русские люди славились как отважные мореходы и совершили крупные географические открытия, которые стали достоянием мировой науки.
Однако лишь в царствование императора Петра I – основателя Российского флота – пришло осознание государственной значимости подробных исследований и описаний морей, рек и озер. С начала 18 века начались систематические гидрографические работы на Балтийском и Каспийском морях, стали издаваться морские карты, без которых ни флот, ни другие государственные институты не могли успешно решать свои задачи.
13 октября 1827 года было создано Управление генерал-гидрографа, положившее начало гидрографической службе российского военного флота.
Первым генерал-гидрографом стал вице-адмирал Гавриил Андреевич Сарычев (1763–1831).
В 1837 году Управление преобразовано в Гидрографический департамент. В 1885 году на основе его было создано Главное гидрографическое управление при Морском министерстве.
В настоящее время ответственность за поддержание навигационной безопасности общего мореплавания возложена на Управление навигации и океанографии Министерства обороны Российской Федерации. В оборонной области оно следит за поддержанием на должном уровне систем навигационно-гидрографического, гидрометеорологического и топогеодезического обеспечения сил ВМФ и других видов Вооруженных Сил Российской Федерации в океанских стратегических районах и морских зонах.
Это учреждение традиционно находится в Санкт-Петербурге.