

Всегда когда упоминают о Петерсе сразу вспоминается цитата корреспондента газеты «Революционная Россия», который после того, как части Красной Армии выбили деникинцев из Ростова-на-Дону, писал:
«Чрезвычайка, возглавляемая Петерсом, заработала. Очень часто сам Петерс присутствовал при казнях местных казаков... Красноармейцы говорят, что за Петерсом всегда бегает его сын, мальчик 8—9 лет, и постоянно пристает к нему: «Папа, дай я!». («Революционная Россия», 1920, №4)
Вот еще несколько цитат из его публичных выступлений, относящихся к 1918—1919 годам: «Я заявляю, что всякая попытка русской буржуазии еще раз поднять голову встретит такой отпор и такую расправу, перед которой побледнеет все, что понимается под красным террором...»
«...Произведена противозаразная прививка — то есть красный террор... Прививка эта сделана всей России...», писал Петерс о расстрелах сотен заложников после покушения на Ленина и убийства Урицкого в 1918 году.
Петерс — профессиональный революционер, один из создателей и первых руководителей ВЧК. Именно с его именем связывают формирование образа «латышского лица» ВЧК: «Свою роль в массовом притоке латышей в ВЧК сыграло и то, что вторым лицом в ведомстве «пролетарской расправы» стал Я.Петерс, широко привлекавший в ряды чекистов своих товарищей и земляков, прошедших школу социал-демократического подполья в Прибалтийском крае, имевших опыт конспирации и участия в боевых дружинах 1905—1907 годов».
Участвовал в раскрытии заговора Локкарта, руководил ликвидацией левоэсеровского мятежа 1918 года. С 7 июля по 22 августа 1918 года на время временной отставки Дзержинского пост председателя ВЧК, временно занял Яков Петерс, который сформировал новую коллегию ВЧК исключительно из коммунистов. 22 августа (после возвращения Дзержинского) Петерс был утвержден его заместителем.
Вёл следствие по делу покушавшейся на В. И. Ленина эсерки Ф. Каплан.
В марте 1919 года на посту зампреда ВЧК его сменил И.Ксенофонтов, в том же месяце был послан в Петроград, где был назначен начальником внутренней обороны, а потом комендантом укрепленного района.
В августе 1919 года Петерс был назначен комендантом Киевского укреплённого района и начальником гарнизона. На Киев в это время с разных сторон наступали белая армия Деникина и войска Петлюры.
Будучи не в силах изменить что-либо в военном отношении, Петерс и Лацис стали отыгрываться на внутреннем враге Однажды утром газеты вышли с бесконечно длинным, столбца в два, списком расстрелянных. Их было, кажется, 127 человек; мотивом расстрела было выставлено враждебное отношение к советской власти и сочувствие добровольцам. В действительности, как выяснилось потом, коллегия чрезвычайки, усиленная Петерсом, решила произвести массовый расстрел и выбрала по списку заключенных всех, против кого можно было выставить хоть что-нибудь компрометирующее <...> действительное число расстрелянных не ограничивалось приведённым в газетах списком.
Яков Христофорович стал руководителем особой комиссии, которая занялась чисткой сотрудников Академии наук Советского Союза. В историю эти события, растянувшееся более чем на год, пошли как «Академическое дело». Тогда было уволено порядка семидесяти ученых (в основном, представителей гуманитарных направлений), многие из них оказались за решеткой. Всех собак повесили на престарелого академика Сергея Федоровича Платонова и его сподвижников (всего более ста человек). Следствие обвинило их в попытке устроить государственный переворот и возродить в России монархию. Платонов, которого исключили из числа действительных академиков АН СССР, умер в ссылке в январе 1933 года.
А Петерс продолжал занимать высокие должности вплоть до двадцать седьмого ноября 1937 года. В этот день он был арестован. Поклонник красного террора не сумел ничего противопоставить новому витку террора – большому. И двадцать пятого апреля 1938 года Яков Христофорович был расстрелян на полигоне «Коммунарка».